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Les acides gras à chaîne courte se forment dans l'intestin pendant le métabolisme des fibres et des glucides complexes par les bactéries.
Les acides gras d'acétate, de propionate et de butyrate sont particulièrement importants: ils constituent la principale source d'énergie de l'épithélium intestinal, ils stimulent la formation de mucus, ont des effets anti-inflammatoires (butyrate principalement) et compensent une augmentation pondérale (propionate principalement).
Un rapport équilibré en acides gras à courte chaîne est essentiel pour la santé intestinale. À l'aide du profil des acides gras à courte chaîne, des mesures nutritionnelles ciblées en combinaison avec des probiotiques spéciaux peuvent être prises.